Ce musée est l'extraordinaire témoignage de l'évolution du paysage urbain de l'antiquité jusqu'à nos jours. Au début la Crypta Balbi c'est un vaste portique annexé au théâtre que Lucio Cornelio Balbi avait fait construire sous Auguste. Au cours des siècles cette structure est occupée par des boutiques artisans, des fabriques, un couvent annexé à l'église de saint Catherine et pour finir un musée dont les objets proviennent en grande partie des fouilles qui sont toujours en cours ainsi que des collections "Kircheriano", collection "Gorga" et "Betti". Vingt ans de fouilles ont mis à jours les milles transformations que ce monument à subi. Le musée de la Crypta Balbi s'étale sur trois étages où on y trouve une riche collection de bijoux, des poteries, des instruments de travail... ainsi que de nombreuses maquettes. On peut aussi visiter "l'Esedra" de la Crypta Balbi et une petite partie du Portique Minucia des toilettes d'époque romaine et un temple au dieu Mithra.